　　一張古老的星際地圖，上麵標記著精靈圖鑒上所未知的特異精靈，吸引了兩艘賽爾號飛船。
小墨是賽爾號飛船上一名小小的機械師，並不熱衷於星際探險和通過戰鬥收集精靈；但機緣巧合之下他成卻為了拯救賽爾號的英雄……
羅傑船長為了尋找傳說中的特異精靈，無意中發現了一艘全部漆成黑色的賽爾號；打算把特異精靈"拍成"照片的黑色賽爾號利用可複製任何能力無限分裂的機械精靈擊敗了拍照片的賽爾號，所有的戰士包括傳奇精靈"雷伊"和艦長羅傑都成為了海盜美利圖的俘虜。
宇宙海盜勢力浮出水麵，佐格和艾裏遜現身，又是接受了誰的指使？當賽爾號飛船陷入絕境之時，雷伊挺身而出，他能否擊退黑暗勢力的來襲？傳說中的"神獸"精靈，到底是何方神聖？
沉默的機械師、膽小的播音員還有愛出風頭的廚師加上他們隻擅長逃跑的三大"神獸精靈"為了回家結成了聯盟。劃拳決定的領袖天才機械師小墨成了賽爾號的新艦長，山寨商人處買來的半殘摩托車成了小飛船，隻顧自己逃命的神獸精靈擊敗了戰無不勝的機械精靈，他們甚至穿過了黑洞，見到了特異精靈--鳳凰。
然而美利圖和他的手下在黑洞分子重組而成終極力量的精靈，終極對決下，美利圖再一次失敗了。