天平上的馬爾濟斯講述的是：
1995年，宜蘭棲蘭山越嶺古道，發生一宗女子方秀娟(李淑楨飾)墜崖離奇命案。根據現場跡證與其他相關證據，警方找到當日與她相偕登山的凶嫌吳振源(太保飾)，基於嫌犯又是死者的愛慕者，依據檢察官劉建達(張世飾)的搜證，法官裁定犯罪動機為情殺，凶嫌吳振源難逃法律製裁，最終被判刑入獄，但吳振源在法庭上口口聲聲大喊‘冤枉！我沒有殺人’，多年來堅持不肯俯首認罪，此舉讓劉建達不禁疑惑‘難道真正的殺人凶手還逍遙法外嗎？’ 事隔十年後，方秀娟的女兒江若羽(李康宜飾)通過司法官考試，進入司法官訓練所結識同期錄取的徐子捷(林佑威飾)、塗青芸(曾佩瑜飾)等人，這群擁著崇高理想抱負的年輕人，他們在情與法之間會激出什麽樣的火花？又該如何在理與法這座天平上，展現他們的專業與智慧？ 當劉建達檢察官再度與江若羽重逢，內心更是百感交集，因為方秀娟命案至今仍有疑點，他擔憂小羽奮發考上檢察官最終的目的，隻是單方麵想替她的母親方秀娟親手製裁凶手吳振源，如果真的是這樣，劉建達該如何麵對？十年前，他曾用心良苦化解小羽和她母親方秀娟的心結，如今在他的諄諄教誨之下，能成功導正小羽，讓她成為一個維護公平正義的檢察官嗎？ 而在訓練與生活過程中，小羽、子捷和青芸三人之間，原本單純的友情卻產生微妙的化學變化，一個善解人意、一個聰穎大方，子捷該如何在愛情的天平上抉擇。 司法官訓練告一段落，小羽跟隨劉檢實習辦案，其中包括母親方秀娟命案，經過一連串抽絲剝繭，確實發現似乎有第三人涉入這宗命案！為了還原真相，劉建達檢察官申請重新啟動調查，企圖解開重重疑雲…… 此時，一封機密公文舉發內政部長塗建平(翁家明飾)涉嫌工程弊案，由向來冷酷嚴厲出名的周文齊(陸明君飾)檢察官，率領實習檢察官子捷偵辦調查，赫然發現塗建平果真圖利承包商郭永進，不僅如此，郭永進的得力助手竟是子捷的親哥哥子祥，法理與親情真的很難兩全，子捷如何堅持執法者立場辦案，接二連三的貪汙案及方秀娟命案，會為小羽、子捷及青芸三人帶來什麽樣的打擊。 方秀娟命案、塗建平弊案會牽扯出什麽樣不可告人的秘密，象征正義公平的‘天平’該如何還原真相，給社會大眾一個公道……
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