在小五郎的帶領下，柯南一行人來到位於太平洋中的美麗小島“神海島”渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡“海底宮殿”，以及300年前實際存在的女海盜“安‧寶妮”、“瑪莉‧麗德”所遺留下來的寶藏傳說。在海底宮殿附近的海底享受潛水樂趣的小蘭和園子，意外遇到了一群正在尋找寶物的寶藏獵人，不料其中一名獵人突然遭到鯊魚群的攻擊，小蘭和園子雖然幸運逃離，但該名獵人最後還是不幸身亡，聞訊趕來的柯南發現這名獵人的死因相當詭異，於是便與灰原一起展開調查。這名獵人是否是因為海盜留下來的寶藏而遭到殺害？柯南等人一邊尋找著行蹤詭異的獵人下落，一邊試圖解開那則疑似為整個事件起因的寶藏傳說，以及案發現場海底宮殿的謎題。經過一番調查之後，他們找到了一個神秘的名詞“JOLLY ROGER（海盜旗）”，正當柯南就快要將整個傳說的謎題解開之際，原本被發現的部分寶藏卻突然遭神秘獵人奪走。這些獵人的魔掌，最後甚至伸到了小蘭和園子身上，他們的目的究竟是… 隱藏於傳說中的訊息究竟為何？海底宮殿又有什麽秘密？穿越300年時光的暗號，即將由柯南一一解開！青山剛昌原作“名偵探柯南”，自從1994年於周刊少年SUNDAY開始連載，迄今已經進入第14個年頭，除了打破周刊少年SUNDAY史上最長的600回連載記錄外，其單行本漫畫之發行量更是超過了1億冊。電視版動畫則是從1996年1月起，於讀賣電視台與日本電視台播出至今，收視率依舊亮麗，無論在日本還是台灣，皆受到觀眾們不分男女老少的喜愛，可說是無人不知的超人氣國民動畫。至於柯南動畫作品中製作規模最浩大的“名偵探柯南劇場版”係列，則將於2007年展開曆史的新頁：名偵探柯南劇場版“紺碧之棺”，融合了懸疑推理、曆史謎題、動作冒險等眾多要素，巧妙構造出前所未有的精彩劇情，是一部難得一見的動畫钜作！