自從第一部的故事結束不久後，影片的四位主角就又坐不住了。獅子亞曆克斯、斑馬馬蒂、長頸鹿邁爾曼、河馬格洛麗亞夥同第一部中的幾位企鵝大仙們再次出動，隻不過這回他們受到了自然的召喚。想要重新回歸自己祖先生活的天堂——非洲大草原。於是在一些本地土著小浣熊沒錯，就是功夫熊貓阿波他師傅那個物種的幫助下，弄來了一架甚是拉風的飛機，由幾企鵝駕駛，在一片熱烈的歡呼聲中啟航了！飛機是好飛機沒錯，但駕駛員水平怎麽樣就值得研究了！當飛到馬達加斯加島上空時他們聽到了激動人心的好消息——我們要降落了！當然，降落的方式是墜機！

　　一幹人磕磕撞撞地降落抑或墜落到了大地母親的懷抱中，當真正麵對自己祖先生存的大草原時他們淚流滿麵——我靠，還不如不來！畢竟他們常年生活在城市的動物園裏，那會熟悉這大草原上的生存準則！雖然他們終於見到了更多自己的同類，但這些朋友們可不像小朋友那般可愛，不但對他們百般戲弄還引導他們誤入歧途。更誇張的是，他們還不得不麵對各類獵手的追殺了騷擾，雖然與人類打交道已經不是什麽新鮮事情了，但拿槍的人類可不是好玩的！一時間四賤客反而進退兩難，演變成“是留在大自然？還是回歸動物園？”的尷尬抉擇。而當想要離開這裏時，回頭往往那一堆隻剩下骨架的飛機，以及開始維修這架隻剩下骨架飛機的企鵝們，四賤客們立馬沒了信心！在這樣的困境下，他們該怎麽辦又會怎麽辦呢？