第一次新吉恩戰爭（哈曼戰爭）結束後，0089下半年間，聯邦對殖民衛星加強了經濟等方麵的製裁，但此措施的實行，亦隻是令宇宙住民對立情緒上漲而已，各路反聯邦勢力紛紛崛起。 0090年2月，聯邦為收容難民建起宇宙居住區“SWEET WALLTER”。但此時在無人知曉的情況下，一度銷聲匿跡，於哈曼死後掌握新吉恩指揮權的夏亞·亞茲納布爾已秘密潛入，藏身其中。 3月，聯邦軍為維持軍事上的威懾力，建立外圍獨立精銳部隊郎德·貝爾，由布萊德·諾亞大校提任司令官，隊中更有以著名的王牌機師阿姆羅·利大尉為首的眾多優秀戰士作為成員。 0092年12月，由夏亞·亞茲納布爾在接受電視采訪時發表向聯邦的宣戰布告。第二次新吉恩戰爭（亦稱阿克西斯戰爭或夏亞之亂）爆發。然而，正當阿姆羅等人與新吉恩軍殊死戰鬥時，一些聯邦上層人物卻盲目相信和平的可能性，加上收受賄賂，而準備前往SIDE6，與新吉恩方麵進行秘密接觸。