創聖紀0011年的地球，由於11年前的大異變，人類喪失了2/3的人口。南極冰山溶化，1萬2千年前滅亡的亞特蘭蒂亞重現於世，擁有雙翼的「墮天翅族」蘇醒了。他們將生物機械兵器神話獸接連送入人類的都市，捕獲人類，攝取生體能源Purana。另一方麵，人類決心反擊，從海底遺跡發掘岀三台組合（hybrid）戰鬥機Vector Machine。這是1萬2千年前，將墮天翅族逼入滅亡絕境的傳說中的兵器。Vector Machine經過合體，機械天使Aquarion即將現身。要啟動Aquarion，需要能與機體的機械生命感應和共鳴，稱為Element的人。這要求特別敏銳的五感和純真的靈魂，因此十五歲左右的少年少女們被選為機師，集中起來。而後，機械天使Aquarion 合體的時刻終於到來…。