加魯哥的噩夢已是3年前的事情了，突然世界各國都發生了國家領導人當眾蒸發的事件，黑暗的野心再次籠罩全世界。萊麗雅在倫敦為成為一名記者而努力，雖然不被重用，但是她隻要想起以前和John在一起的日子，就回重新鼓起勇氣。在法國某地繼續進行發明研究的John某日在海邊救起一個失去記憶的少女，而遠在倫敦的萊麗雅也接到一個自稱知道[人間蒸發]內幕的人打來的電話，他們不知道自己又一次卷入了一場毀滅人類的陰謀…… 藍寶石之謎是 GAINAX 的第一部電視動畫作品。它根據凡爾納的科幻小說《海底兩萬裏》改編，經過適當擴展，成為了一部航海冒險故事。　　本片中，融合了21世紀的尖端科技機械設備，並且加入了作者的個人臆想。就這樣，一部融合了現代科學技術、依照原著但又不拘泥於原著的動畫巨作便誕生了！　　“鸚鵡螺號”與“尼爾亞特蘭蒂斯”之間的戰爭波及到了七個海域，最終進入外太空，展開了決戰！　　這部作品站在20世紀的角度重新賦予了19世紀的浪漫愛情故事以新的活力。　　讓我們一起重回神秘的海的世界吧…