圍棋少年講述的是：
明朝末年江南沿海地區倭寇橫行，圍棋棋壇也麵臨正義的圍棋精神和邪惡的圍棋勢力發生的衝突。江流兒的父親江靈運身為朝廷密派的朝廷大員帶著江流兒到江南暗中調查通倭事件，江流兒被臨時寄養在淩雲寺，江流兒在淩雲寺與三個小和尚同時對弈大勝，老和尚圓德深感江流兒是百年不遇的圍棋天才。 江流兒崇拜的抗倭英雄妖刀王被人誣陷通寇，江靈運在調查中覺的此事蹊蹺時中了暗箭身亡，江流兒成了孤兒。圓德和尚鼓勵江流兒到外麵的圍棋世界闖一闖學習各門派的棋藝，參加二十年一屆的圍棋國手大賽。江南圍棋四大門派為能在國手大賽中爭得“棋聖”稱號明裏暗裏展開了激烈的競爭，處世不深的江流兒被西金棋院利用把棋壇攪得烏煙瘴氣，老國手劉南如為挽救這個圍棋天才被迫與江流兒對弈卻被江流兒用長考把老國手拖垮在棋盤上，引起了強烈的反應…… 國手大賽前江流兒遇到了瘋乞丐，此人就是二十年前的天才棋聖林心誠。二十年前日本棋手丈和帶著他潛心研究的圍棋定式“天魔大化”將中國棋手打敗，中國棋壇眼看全軍崩潰，致力於圍棋創新的林心誠用自己的“天地大同”打敗了丈和，丈和發誓要培養弟子重新殺回來，林心誠也因其圍棋天賦遭到保守派的嫉妒和圍攻含恨而‘死’，但又奇跡般的活了下來，一直裝瘋浪跡於江湖。江流兒的圍棋天賦被林心誠發現並把自己多年研究的“天地大同”傳授給江流兒後安然的閉上了眼睛。國手大賽正式開始，全國各路棋手展開激烈競爭，江流兒因情感糾葛落敗，心灰意冷流落街頭。 日本圍棋天才少年黑木是丈和的關門弟子，丈和告訴他隻有戰勝中國圍棋才能稱的上第一，黑木在原倭寇首領佐佐木的陪同下來到中國向中國圍棋挑戰。黑木觀看了中國國手大賽的對局後不屑一顧，正在黑木得意之時江流兒出現了並與他下起了盲棋，兩位圍棋少年天才下盲棋的結果與比賽中的棋局結果分毫不差。 在黑木與江流兒生死對局中，江流兒把‘天地大同’發揮到極限，最終戰勝黑木(實際上按日本圍棋規則，兩人應是下得平局)，兩個圍棋少年成為了好朋友。
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