從東京都西部被分割出來的這座都市中，“超能力開發”被列為學校課程的一部分。在二百三十萬人口中，有八成人都是學生們，所以被稱為學園都市。他們每天都在頭腦開發上進行相互競爭。根據能力不同，可以分為六級，從無能力到超能力。故事的主人公上條當麻是學園裏唯一的一個零能力者。但並非完全沒有能力，而是他是能力是能夠將一切能力的效果無效化。他隻有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇跡都能抹殺的能力取名為“幻想殺”。而正因為他的不被神加護的大吃大喝手，導致自己常常過著不幸的人生。

某一個暑假的日子，在家裏的陽台上，他遇見了一位從天而降的全白裝束的修女，這位少女自稱自己的名字叫“禁書目錄”，並是從魔術的世界逃了出來，現在正在被魔術師追趕中。就這樣，上條當麻一腳踏進了奇妙世界，開始了守護少女的戰鬥……掌握了數萬究極魔法書的少女與擁有抹殺一切奇跡的上帝之手的少年，會為大家演繹出什麽樣的故事來呢？