暗行者講述的是：
抗戰時期，程督軍對百姓巧取豪奪，民怨載道。以甘遮浪為首的山匪聚眾起義,趕走程軍。甘遮浪手下人誤殺程督軍和其三子。程督軍的家眷外逃，長女雲蘇被俘，隱瞞身份，被當成獎賞，扔到了甘遮浪的房裏，反施展醫術救了重傷的甘遮浪。心許甘遮浪的知春看出甘遮浪對雲蘇萌生好感，要殺雲蘇，為保住雲蘇的命，甘遮浪娶雲蘇為妻。三年後，雲蘇的未婚夫夏君棠投靠了日本人，領著日軍打了回來，並且占領了上海。與此同時，上海地下黨員陳父為得知山田實驗室的試驗計劃書的內容，潛入日本山田杏子的辦公室偷一個盒子，夜裏，陳父卻被日本鈴木惠子槍殺。而萬小白僥幸逃脫，卻成了身擔殺人重罪的頭號通緝犯。第二日，他很快發現，在找他的不光是警察，還有他之前的雇主。雇主認為盒子必然在萬小白的手上，便派出一批打手，四處捉拿他。為了藏身，他躲去一個朋友暫時空置的家，卻在那裏邂逅了一個冷豔神秘、身手過人的女子。女子叫李曼麗，是中共地下黨員，她的目標也是那隻盒子。得知這一點後，陸小天和她達成協議，他會查清事情的真相，幫她找回盒子，她則要保護他的安全。兩人在相處之初矛盾不斷，可經過了一次次磨難，他們竟暗生情愫。雖然都沒有表露，卻都真心的扶持著對方。幾番波折之後，萬小白終於查清了盒子的秘密。原來盒子裏裝的是一個日軍的倉庫鑰匙和一本出城的通行證，然而，倉庫裏放的正是他們所要找的一批珍貴的藥品。陳曼麗的任務是拿到藥品、送往前線，而之前雇主卻想拿藥品去孝敬日本人。這時，陳美麗在萬小白睡覺之時潛入日軍團部搜查檔案，卻被山田佐木發現，隻有拿出槍械威脅山田交出檔案，不料卻陰差陽錯的放走了山田。陳美麗就要被殺的千鈞一發之際，萬小白趕來搭救。趕來的鈴木惠子一槍解決了萬小白，並給想立功的阿亮機會宰殺陳美麗，不想阿亮反過來打死了鈴木惠子和山田杏子。原來，阿亮是一直潛伏在鈴木惠子和山田杏子周邊的地下黨員。最終，陸小天和陳美麗終於憑著聰明才智，幫助李曼麗和萬小白地下黨拿到了藥品，還消滅了一支活躍在上海租界區的日本特務小分隊。
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