捕蛇少年講述的是：
水生、阿福正和一幫夥伴在蘆葦蕩裏捉迷藏，一聲清脆的槍聲從不遠處傳來，循著槍聲傳來的方向，水生看見一名中年男子在偽軍的追擊下，拖著中彈受傷的腿邊打邊撤。水生迎著槍聲摸上去，發現中彈受傷的人正是爸爸的戰友李叔叔。李叔叔是新四軍偵察員。李叔叔將日軍青崖山布防圖的一半塞給水生，告訴水生趕往大橋鎮康民診所找丁大夫接頭，拿到完整的布防圖後務必送往青崖山，那將關係到幾百新四軍的生死存亡。 李叔叔英勇犧牲後，偽軍盯上了水生。為了完成李叔叔犧牲前交代的任務，早日見到當新四軍連長的爸爸，水生帶著阿福前往大橋鎮。水生不僅會捕蛇，還會訓蛇，無論多毒的蛇，在水生的手裏都得乖乖地聽話。水生比阿福大一兩歲，但由於阿福管水生的爸爸叫表哥(聽歌)，所以阿福一路以叔公自居，像個小大人似的，吹噓、機靈又不失頑皮。 前往大橋鎮的一路，是偽軍窮追亂打的一路。水生、阿福翻山越嶺走小路，與偽軍丁戈連長的一幫嘍羅狹路相逢；水生、阿福撐排順流走水路，與丁戈連長同流競渡，但每次水生和阿福都能機智地擺脫偽軍丁連長的追擊。接近大橋鎮，水生、阿福與“跑江湖”的毛頭、細妹姐弟倆不打不相識。 和毛頭、細妹拱手道別，水生不慎落入偽軍手中。阿福跑回來求助於細妹姐弟，聽說水生、阿福是新四軍，細妹姐弟巧設關卡，成功營救出水生。水生從偽軍手中逃出來，領著阿福、細妹姐弟來到大橋鎮，找到康民診所丁大夫接頭。水生剛說出暗語，偽軍丁戈連長推門進來，與丁大夫稱兄道弟。水生發現事情蹊蹺，趁機逃脫。 一場誤會消除了，水生終於跟丁大夫接上頭，拿到另一半青崖山布防圖。此時，偽軍丁戈連長帶隊將診所包圍，丁大夫心生一計李代桃僵，帶著布防圖和四個少年出鎮。前往青崖山的路山，丁大夫英勇犧牲，追擊而來的丁戈在四個機智少年麵前自取滅亡。至此，逃出追擊的水生、阿福、毛頭、細妹懷著當新四軍的理想，向青崖山奔去。
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