這是189年以前的事了。水蛇座貝塔星——一顆超新星的爆炸放出了大量的貝塔放射線，甚至連遠離了20光年的地球也遭受了巨大的傷害。被氣體所包裹的綠色宇宙，那就是我所知道的宇宙的顏色。但是，我很想看看，以前的人從地球所看到的過去的宇宙的顏色。所以我要去Stellvia。現在是西曆2356年！" 　　由一段主角簡短的解說，正文開始了！正如主角自己說的那樣，她踏上的宇宙學院stellvia的學習路程。和一般的動漫一樣，雖然主角的編程能力超優秀，但是實際操縱能力差到嚇死人……讓她的實習課老師受夠了苦頭。但是在劇情發展中……誌跳跳不斷成長，很快遍超越了所有人。　　在受到水蛇座貝塔星的第一次衝擊後，地球上的人們協同合作，開始重建自己的家園。可是，人們發現，水蛇座貝塔星還有第二波衝擊，將在第一波衝擊後190年波及到地球，於是，人們開始在宇宙設立基地，為觀測第二波貝塔射線和防止它再次衝擊地球。GreatMassion（偉大任務）產成了。宇宙中6個基地同時開放能量立場（有點像GP－03的光線防禦），防禦衝擊，誌跳跳作為實習也參加了這次GreatMassion。終於，第二次衝擊過去了。可是令人意想不到的事情又來了，隱藏在第二波衝擊後的竟然是一條橫穿宇宙的黑洞帶，直逼地球！